E-Ticaretin Dezavantajları için, sitelerde oluşan güvenlik problemlerini de örnek gösterebiliriz. Sipariş verilen ürün yerine başka ürün gönderilmesi, parası ödenen ürünlerin firmada bulunmaması, sitede ki teknolojik problemler, kredi kartlarında yaşanan sıkıntılar müşterilerde güven problemine yol açmaktadır.
Klasik Ticarette de müşterilerin dolandırılma ve yanıltılma durumu her zaman söz konusudur. Kredi kartlarının kopyalanması Geleneksel Ticarette de karşımıza çıkmaktadır. Geleneksel Ticarette de E-Ticarette de bu problemler işletme ile alakalıdır.
Profesyonel bir E-Ticaret sitesindeki güvenlik, Geleneksel Ticaretteki güvenlikten çok daha yüksektir. Hosting seçimi, SSL Güvenlik Sertifikası ve güvenlik ve saldırılara karşı alınan diğer önlemler sayesinde E-Ticaret güvenlik problemini tamamen aşacaktır.